汇总:生物信息学常用数据库系统、软件及下载链接

2021-10-13 14:20:04 来源:
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一、生若无资讯学相关的在线汇总1、大分子可在线

NCBI []

NCBI (National Center for Biotechnology Information)是称之为美国国立生若无技术资讯里面心

EMBL []

欧洲各国分子可生若无学检验室EMBL(The European Molecular Biology Laboratory)

DDBJ []

DDBJ(DNA Data Bank of Japan),于1984年建立,是当今第二大DNA 在线之一,与NCBI的GenBank,EMBL的EBI在线联合分成国际DNA在线

CNGB []

里面国国家在线(China National GeneBank)座落在深圳白沙主城区,是继当今第二大在线以后的当今性第四大国家级在线。它是里面国首个,也是唯一一个国家性状库,近似于当今性另外三个性状库而言,国家性状库样品存留的规模、存储量和可访问的比特率皆是当今性最大。

BIGD []

里面国国家性状组社会科学数据里面心 生命与健康大数据里面心 (National Genomics Data Center BIG Data Center)

2、非解码RNA在线(1).非解码小RNA在线

miRBase []

piRNAbank []

piRNAbank []

SILVA []

(2).长非解码RNA在线:

LncRNAdb []

酿酒酵母生若无

LncRNAwiki [_Page]

人类长非解码RNA在线

(3).非解码RNA家部族在线

Rfam[]

相似Pfam的RNA家部族编者在线

(4).非解码RNA脱氧核糖大分子可在线RNAcentral [ ]3、抗原质在线(1).抗原质资讯

Human protein atlas [ ]

人体抗原在蛋白、其组织、病理必需下的传达

(2).抗原脱氧核糖大分子可在线

Pfam []

Pfam是抗原质家部族的在线,有数使用隐马尔可夫建模生成的编者和多脱氧核糖大分子可鉴别。

SwissProt []

手动编者的非冗余抗原脱氧核糖大分子可在线

UniProt [ ]

PIR []

Antibodies []

BRENDA [ ]

HPRD []

InterPro []

通过紧密结合多个抗原相关在线,提供了一个方便的对抗原脱氧核糖大分子可展开动态编者的平台,有数对抗原质家部族、本体域、动态位点的研究

iProClass []

PRF []

REBASE []

(3).抗原质本体在线

PDB []

通过检验测定的本体

SCOP []

CATH []

PSI []

(4).抗原组在线PRIDE [](5).抗原质动态域在线

PROSITE []

最全面

Pfam []

最专业

ProDom []

CCD []

Prints []

SMART [ ]

TIGRFAM []

(6).抗原互作在线

STRING []

DIP []

检验验证的抗原相互起到在线

BioGRID [] :

IntAct [ ]

4、糖类在线

MapMan:一个动态强大的糖类途径拍照和撰稿软件

(1).糖类途径在线

KEGG []

GO []

NCBI BioSystems []

IMP []

plantCyc []

MANET [ ]

MetaNetX [ ]

(2).糖类组学常见在线

MataboLights []

HMDB []

YMDB []

ECMDB []

(3).表型在线

Planteome []

dbGaP []

IPPN []

5、脱氧核糖大分子可鉴别(1).脱氧核糖大分子可与在线鉴别Blast [](2).多脱氧核糖大分子可外鉴别Clustal(3).脱氧核糖大分子可进化树研究MEGA6、性状研究(1).性状资讯

GeneCard []

Gene Wiki[_Wiki ]

(2).性状编者

Blast []

Interproscan [],

WEGO []

KAAS []

(3).性状动态研究:

FGENESH []

AUGUSTUS [ ]

GENESCAN []

GeneMark []

Glimmer []

(4).性状本体研究

Exon-Intron Graphic Maker []

根据候选性状的外显子和内含子等资讯制图性状本体

Blastp [_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome]

可在线获取抗原本体域的编者和位置资讯

(5).同源性状研究OrthoDB是直系同源若无的综合目录[](6).亚蛋白导向研究PSORT Prediction [](7).启动子研究Plantcare [](8).基因表达目的性状的miRNA研究psRNAtarget [](9).传达研究

ArrayExpress [ ]

数据来自EMBL的高通量动态性状组学检验的数据;

BAR []

在研究性状动态时,通常亦会简介性状的传达模式,即性状在植若无不同其组织不同发育时期的传达同位素变异。通过在线研究网站BAR对候性状展开传达研究。 是一个植若无生信研究资源网站,用该网站研究性状传达时,不仅可以赢取性状传达模式的热图,还可以赢取图形的静电荧光图片,直观呈现性状在植若无其组织里面的传达位置。

(10).性状本体制图

GSDS []

Gene Structure Display Server,基于性状组编者元数据制图脱氧核糖大分子可性状本体等动态

7、抗原质研究(1).抗原二级三级本体研究及制图CFSSP []SOPMA [_automat.pl?page=npsa_sopma.html]PredictProtein []SWISS-MODEL [](2).抗原优点研究

ProtParam []

抗原优点研究是称之为抗原的一些若无理和化学匹配,如分子可量、等电点、氨基酸和原子分成、消光formula_、半衰期、不安定formula_、脂肪部族氨基酸称之为数、极性。这些匹配,有助展开抗原的相关生化检验。比如在体外基础(大肠杆菌、酵母等)传达和转化目的抗原时,只能考虑抗原的分子可量、等电点、消光formula_、不安定formula_和极性等。在酶活检验里面,也只能根据这些匹配优化检验基础。

(3).抗原一视同仁近岸研究

Protscale []

抗原氨基酸的一视同仁近岸主要由其侧链基团R,如果R只是H或是C、H两元素分成的话,都是旨水的,如果成分极性侧链基团,如-OH、-SH、-COOH、-NH2 等,则就是极性的(亲水的)。旨近岸氨基酸有酪氨酸、色氨酸、谷胱甘肽、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、丙氨酸和腺苷(甲硫氨酸)。旨近岸氨基酸在抗原质核心,在依然抗原质的三级本体上,酶和基质、抗体和抗原外的相互起到等各种非碳原子的分子可相辅相成方面,带有关键起到。

(4).一环管壁本体研究

TMHMM []

抗原的一环管壁本体研究对于研究抗原的亚蛋白导向相一致。如果带有一环管壁本体,抗原很有可能定座落在蛋白里面与管壁相关的本体,如蛋白质管壁、动物细胞管壁或线粒体管壁等内管壁系统。此外,抗原一环管壁本体研究对于抗原动态研究也有一定的帮助。比如某抗原没有一环管壁本体,但是亚蛋白导向检验显示其可定座落在管壁相关本体,这陈述该抗原有可能通过其他管壁导向抗原应征过去的。

(5).回波肽研究

SignalP []

岭回波位置为回波肽切割点,岭之前的脱氧核糖大分子可为回波肽

回波肽是称之为为了让新还原的抗原质向激素途径转移的短胺基酸,常座落在抗原的N-末端,负责把抗原质为了让到不同管壁本体的亚蛋白器内。解码激素抗原的mRNA在翻译时首先还原N末端的回波肽,它被回波肽识别抗原(SRP)所识别,SRP将细胞核携带至细胞质上,细胞质管壁上的 SPR 受体识别并与之相辅相成。新还原抗原在回波肽为了让下到达细胞质内腔,而回波肽则在回波肽酶的起到下被切除。由于它的为了让,新生的多肽就能够通过细胞质管壁踏入腔内,终究被激素到胞外。在宿主菌里面传达特罗斯季亚涅齐抗原时,可用回波肽为了让特罗斯季亚涅齐抗原导向激素到胞外,大大提高抗原可溶性,在原核传达系统(大肠杆菌、芽孢杆菌等)和酿酒酵母传达系统(如毕赤酵母)里面均有应用领域。

(6).蛋白内位点研究

NetPhos []

KinasePhos-2.0 []

抗原质蛋白内称之为由抗原质激酶催化的把 ATP 的氨基基转移到底若无抗原质氨基酸残基(丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸)上的现实生活,或者在回波起到下相辅相成 GTP(通常以 GTP 取代 GDP),是微生若无内一种一般来说的通气方式,在蛋白回波转导的现实生活里面起关键起到。在回波降至时通过赢取一个或几个氨基母公司而被激活,而在回波减弱时能去除这些母公司,从而挽回活性。有时某个回波抗原蛋白内通常造成下游的抗原由南向北发生蛋白内,形成蛋白内级联底若无。

二、生若无资讯学软件及下载链接:

Clustal:

MEGA:

MAFFT:

Sequence Matrix:

PGDSpider:

DnaSP v6:

Arlequin:

MapMan:

PartitionFinder:

jModelTest:

IQ-TREE:

IQ-TREE在线:

RaxmlGUI:

Mrbayes 3.2.7:

PhyloSuite:

BEAST:

Figtree:

Tracer:

PopART:

Network:

Structure:

CLUMMP:

Distruct:

Migrate-N:

Phylonet: 或

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